Kiai Sahal Mahfudz meninggal pada Jumat, 24 Januari 2014 dinihari pukul 01.05 WIB di kediamannya, Komplek Pesantren Maslakhul Huda, Margoyoso, Pati, Jawa Tengah. Ketua Umum Majelis Ulama Indonesia ini meninggal pada usia 77 tahun akibat gangguan jantung dan paru-paru yang sudah lama dideritanya.